Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000
Realizuje zadania z zakresu ochrony gatunkowej, siedlisk przyrodniczych i obszarów chronionych, ochrony zadrzewień, terenów zielonych oraz wdrażania polityki ekologicznej państwa w tym zakresie.

Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko
Odpowiada za wdrażanie i realizację zasad funkcjonowania systemu ocen oddziaływania na środowisko w procesie planowania przestrzennego i w procesie inwestycyjnym. Koordynuje sprawy dotyczące funkcjonowania krajowego systemu ocen oddziaływania na środowisko i obsługę Regionalnej Komisji do spraw Ocen Oddziaływania na Środowisko.

Wydział Zapobiegania i Naprawy Szkód w Środowisku oraz Informacji o Środowisku i Zarządzania Środowiskiem
Realizuje zadania z zakresu zarządzania systemem informatycznym GIS, bazami danych a także prowadzi i udostępnia informacje z rejestru danych o środowisku.

Wydział Organizacyjno–Administracyjny
Do kompetencji Wydziału należy obsługa organizacyjna, administracyjna i kadrowa urzędu.

Zespół Budżetu i Finansów
Do kompetencji Zespołu należy obsługa finansowa urzędu.

Struktura organizacyjna Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska we Wrocławiu